Ο αρχηγός της εθνικής μας ομάδας στο Euro2004 (όπου το αντιπροσωπευτικό μας συγκρότημα κατέκτησε το τρόπαιο) και mvp της συγκεκριμένης διοργάνωσης, συνδέθηκε στην καριέρα του κυρίως με την ομάδα του ΠΑΟΚ, αλλά είχε και ιδιαίτερα σημαντική παρουσία για 4 χρόνια με την φανέλα της ΑΕΚ.
Γεννήθηκε στις 27 Οκτωβρίου του 1971 στο Λιτοχώρι Καβάλας και αγωνίστηκε από το 1988 μέχρι τον Δεκέμβριο του 1992 στην ομάδα της Καβάλας, πριν μετακινηθεί στον ΠΑΟΚ. Στην ομάδα της Θεσσαλονίκης είχε εξαιρετική παρουσία αγωνιζόμενος κυρίως ως κεντρικός και ως αμυντικός χαφ, αλλά κατά καιρούς και σε άλλες θέσεις (π.χ. δεξιός μπακ-χαφ), έγινε ένας από τους πλέον αγαπητούς παίκτες της εξέδρας και ταυτόχρονα κατάφερε να καθιερωθεί και στην εθνική ομάδα των ανδρών. Αποχώρησε από τον ΠΑΟΚ τον Ιανουάριο του 1998 και μετακόμισε στην Αγγλία, αγωνιζόμενος στην Premier League με την φανέλα της Λέστερ. Μάλιστα ως μέλος του ρόστερ της αγγλικής ομάδας κατέκτησε το Λιγκ Καπ του 2000.
Το καλοκαίρι του 2000 η ΑΕΚ κάνει μεγάλη μεταγραφική επιτυχία, φέρνοντάς τον πίσω στην Ελλάδα. Ο Ζαγοράκης καθιερώθηκε άμεσα και ήταν βασικός και αναντικατάστατος για 4 χρόνια, με όλους τους προπονητές που πέρασαν από τον πάγκο της ομάδας. Αγωνιζόταν κυρίως στην θέση του κεντρικού χαφ και αποτέλεσε εξαιρετικό δίδυμο στο κέντρο τόσο με τον Άκη Ζήκο (2000/2002), όσο και με τον Κώστα Κατσουράνη (2002/2004), βοηθώντας με το παιχνίδι του στο ανασταλτικό κομμάτι αλλά και στην οργάνωση του παιχνιδιού. Ταυτόχρονα συνέχισε να είναι βασικός στην εθνική ομάδα (και αρχηγός της πλέον). Γενικά είχε πολύ ικανοποιητική παρουσία με τα κιτρινόμαυρα (παρουσιάζοντας κι έντονο ψυχικό σθένος και ηγετικές τάσεις στο παιχνίδι του, όπως συνέβη σε όλες τις ομάδες που έπαιξε) αγωνιζόμενος (κατά περιόδους και ως αρχηγός) σε 101 ματς πρωταθλήματος και πετυχαίνοντας και 4 γκολ, ενώ με τον δικέφαλο του νότου κατέκτησε το κύπελλο του 2002. Μεγάλο γκολ στην καριέρα του στην ΑΕΚ αυτό εναντίον της Ίντερ στο “Τζιουζέπε Μεάτσα” του Μιλάνου το 2002 (με φοβερό σουτ http://youtu.be/_447iCnzHhQ), σε ματς για την φάση των 16 του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ (η Ίντερ πάντως επικράτησε τελικά με 3-1, παρότι η ΑΕΚ προηγήθηκε με αυτό το γκολ).
Το καλοκαίρι του 2004 έχοντας την καλύτερη στιγμή της καριέρας του στο Euro της Πορτογαλίας και με την ΑΕΚ σε δύσκολη διοικητική κατάσταση, φεύγει από την ομάδα και μετακομίζει στην ιταλική Μπολόνια, όπου αγωνίζεται για μια σεζόν. Στην συνέχεια (2005/2007) επιστρέφει στον ΠΑΟΚ, όπου αγωνίζεται για 2 σεζόν, πριν κλείσει την καριέρα του.
Με την εθνική ομάδα είχε συνολικά 120 συμμετοχές και 3 γκολ και είναι μέχρι σήμερα δεύτερος παίκτης σε συμμετοχές με τα γαλανόλευκα (πίσω από τον Γιώργο Καραγκούνη).
Μετά το τέλος της καριέρας του ο Θοδωρής Ζαγοράκης έμεινε κοντα στον ΠΑΟΚ και διετέλεσε πρόεδρός του σε δύο διαφορετικές περιόδους (Ιούνιος 2007/Οκτώβριος 2009 και Φεβρουάριος 2010/Ιανουάριος 2012).
Ο Θοδωρής Ζαγοράκης σήμερα ασχολείται με την πολιτική και μάλιστα εξελέγη ευρωβουλευτής στις ευρωεκλογές του 2014.